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Folgende Fachbereiche bieten eine Facharztausbildung am Universitätsklinikum Regensburg an:
Anästhesiologie
Augenheilkunde
Chirurgie
Dermatologie
Gefäßchirurgie
Hals-Nasen-Ohren-Heilkunde
Herz-, Thorax- und herznahe Gefäßchirurgie
Innere Medizin I
Innere Medizin II
Innere Medizin III
Kieferorthopädie
Kinder- und Jugendmedizin
Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin
Krankenhaushygiene und Infektiologie
Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie
Nephrologie
Neurochirurgie
Neuropathologie
Notaufnahme
Nuklearmedizin
Päd. Hämatologie, Onkologie & Stammzelltransplantation
Plastische, Hand- und Wiederherstellungschirurgie
Röntgendiagnostik
Strahlentherapie
Thoraxchirurgie
Unfallchirurgie